Alter đã nhận được sự công nhận cho nghiên cứu của ông bao gồm Giải thưởng Albert Lasker cho Nghiên cứu Y học Lâm sàng năm 2000 cho công trình của ông dẫn đến việc phát hiện vi rút gây ra bệnh viêm gan C. Alter và người đồng giải thưởng Michael Houghton đã được công nhận vì đã phát triển các phương pháp sàng lọc máu, về cơ bản đã loại bỏ nguy cơ viêm gan do truyền máu ở Hoa Kỳ.[3] Các danh hiệu khác cho nghiên cứu y tế của ông bao gồm Huân chương Dịch vụ Xuất sắc, giải thưởng cao nhất được trao trong dịch vụ y tế công cộng của chính phủ Hoa Kỳ.[4] Alter đã được bầu vào cả Viện Hàn lâm Khoa học Quốc gia và Viện Y học.[12] Năm 2002, anh nhận được Giải thưởng Chủ tịch Hiệp hội Truyền máu Quốc tế.[4] Và vào năm 2005, ông đã nhận được Giải thưởng Hiệp hội Bác sĩ Hoa Kỳ cho Công trình Xuất sắc trong Khoa học liên quan đến Y học, và Giải thưởng Quốc tế đầu tiên của Inserm.[21]

Khi nói về sự nghiệp nghiên cứu lâu dài của Alter tại thời điểm nhận giải thưởng Lasker 2000, Harvey Klein, trưởng khoa Y tế Truyền máu Trung tâm Lâm sàng lưu ý, "Là một thành viên nghiên cứu trẻ tuổi, Tiến sĩ Alter đã đồng phát hiện ra kháng nguyên Australia, chìa khóa để phát hiện virus viêm gan B. Đối với nhiều nhà sáng chế, đó sẽ là điểm sáng trong sự nghiệp. Đối với Tiến sĩ Alter, đó chỉ là một khởi đầu tốt đẹp."[22]

Alter đã được trao giải Nobel Sinh lý học hoặc Y học năm 2020 cùng với Michael Houghton và Charles M. Rice vì "những khám phá dẫn đến việc xác định vi-rút Viêm gan C."[2]